El objetivo principal de las investigaciones es contribuir a la sustentabilidad de los sistemas socioecológicos de café bajo sombra. Actualmente investigamos la caracterización de microorganismos asociados con el suelo y los frutos del café, mediante secuenciación de ADN de Próxima Generación, este es un paso transcendental para conocer las comunidades microbianas albergadas en el suelo y frutos de café. Los datos generados por la secuenciación del ADN aportan nuevos conocimientos sobre las funciones microbianas y su potencial para el desarrollo de una caficultura más sustentable, ya que permite una mejor comprensión de los terruños de café, la adaptación al cambio climatico, la información puede usarse para un manejo más adecuado de los cultivos, minimizar el uso de fertilizantes y pesticidas químicos, ayudar a la creación de biofertilizantes y la identificación de cultivos iniciadores para mejorar la calidad de la bebida de café.